植物T2T基因组文章精选合集（202505）
华命生物目前已成功完成60+物种的T2T基因组组装，物种涵盖动物、植物、昆虫及同源和异源多倍体等疑难物种，已有多个合作项目在顶级期刊发表和接收，欢迎有需要的老师垂询。联系方式：18371456025。
01 山药T2T基因组
【英文标题】A telomere-to-telomere genome assembly for greater yam (Dioscorea alata)
【发表杂志】plant communications
【发表时间】2025.05.12
【主要内容】作者通过PacBio HiFi测序、ONT超长测序和Hi-C测序数据，成功构建了山药品种（紫芋参薯）的T2T完整基因组，其大小为511.5Mb，大于之前发表的 480Mb 基因组，且与流式细胞术和k-mer分析的结果更加一致。PacBio HiFi 和ONT测序数据的比对率均高达 99.99%，证明了该基因组的高准确性和完整性。所有20条染色体的端粒和着丝粒都被识别出来。利用T2T基因组，作者系统的鉴定了紫芋参薯中的NLR家族基因，共识别出432个NLR基因，比之前发表的山药基因组多100个，其中4个位于着丝粒和缺口区域。
02 天桃木T2T基因组
【英文标题】Gap-free telomere-to-telomere assembly of the Mangifera persiciforma genome and its evolutionary insights on resistance
【发表杂志】Plant Biotechnology Journal
【发表时间】2025.05.24
【主要内容】天桃木（Mangifera persiciforma） 是芒果属（Mangifera）植物，与芒果（Mangifera indica）同科。由于亲缘关系密切，其可作为芒果砧木以提升抗逆性并扩大种植范围。解析扁桃芒果的遗传背景，不仅能揭示芒果属物种的进化历程，还可为芒果农艺性状改良提供新思路。本研究首次通过PacBio HiFi和ONT超长数据，结合Hi-C测序数据，完成了天桃木端粒到端粒（T2T）完整基因组组装，基因组大小382Mb，着丝粒和端粒均进行了鉴定，这也是芒果属首个T2T基因组，并通过比较基因组分析探究进化趋势，为芒果属栽培育种提供了重要数据支撑。
03 两个柚子T2T基因组
【英文标题】CgABR1-CgFAD negatively regulates the fruit neck length in citrus
【发表杂志】Plant Biotechnology Journal
【发表时间】2025.05.13
【主要内容】柚（Citrus maxima）作为柑橘类的基础物种，是甜橙、柠檬等多数栽培柑橘的亲本。果实基部是柚的重要形态特征，基部过长会降低果实可食率。本研究针对短果基品种‘坪山柚’完成了端粒到端粒（T2T）无间隙基因组组装，并对长果基品种‘沙田柚’构建了染色体级别基因组。通过‘琯溪柚’与‘坪山柚’的杂交群体进行性状定位，在1号染色体27.5–30.5 Mb区间检测到控制果基长度的关键位点，发现一段52 bp缺失与果基长度显著相关。结合果实基部发育的转录组数据与变异分析，鉴定出两个关键基因：乙烯响应转录因子CgABR1和FAD依赖性尿酸羟化酶CgFAD。遗传转化实验证实，过表达这两个基因均可抑制果基伸长。DAP-seq、EMSA及dual-LUC进一步揭示，CgABR1能直接结合CgFAD启动子并激活其表达。本研究不仅提供了柚的高质量T2T基因组，更为柑橘果实形态改良提供了关键基因资源和育种新靶点。
04 早生稻T2T基因组
【英文标题】A gap-free and haplotype-resolved genome of an early-season indica variety provides insights into rice thermotolerance and grain quality
【发表杂志】Journal of Genetics and Genomics
【发表时间】2025.05.06
【主要内容】佳辐占（Jiafuzhan, JFZ）是通过辐照品种"佳福418"与"佳禾早占"杂交选育的早季籼稻品种（XI-1B亚群）。2008至2021年间，该品种在福建省早季常规稻中持续保持主导地位，年均种植面积达39.985万亩。其突出优势表现为兼具耐热性、优质米质、再生能力强及稳产高产等优良农艺性状。本研究首次构建了JFZ的单倍型T2T的完整基因组，通过结合群体SV变异图谱和构建重组自交系，挖掘了与耐热性和品质性状相关的关键变异位点。
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