一、基因组高质量组装与评估

在SL-T2T基因组中共注释到36006个基因，其中22784个获得功能注释；多数基因与SL5.0注释区域重叠，但其结构更契合转录组证据，表明注释质量得到提升。全基因组约66.51%为重复序列，以转座子为主，串联重复比例较低，并涵盖多类卫星与小卫星DNA。基于TGRIV重复序列共鉴定12个着丝粒，总长度达40.90Mb，其基因密度显著低于基因组平均值，并主要由LTR反转录转座子构成。卫星SlSat181主要分布于亚端粒和部分着丝粒区域，而小卫星SlSat35在基因组及全部着丝粒中广泛存在。另在染色体1上检测到由大量重复单元组成的5S rDNA阵列。

已有研究指出，番茄2号染色体起始端拥有大量45S rDNA的串联重复，估算的拷贝数量约为2300个。本研究利用ONT测序数据重新评估了这一区域的规模，结果显示Heinz 1706基因组大约包含3400个完整的45S rDNA重复单元，其中有2105个集中分布在2号染色体端粒附近，并且排列方向一致；在11号染色体上仅检测到一个额外的重复单元。由于这些重复序列之间高度相似（相似度超过99%），接近当前ONT测序的精度上限，因此该区域在基因组组装中仍存在部分缺口。序列变异分析仅识别到少量SNP和微小Indel，没有形成明显可区分的重复类型。

为了进一步探讨其进化过程，研究团队比较了多种茄科植物T2T基因组中45S rDNA的拷贝数量及序列一致性。结果显示，番茄SL-T2T的45S rDNA不仅拷贝数在各物种中最多，其重复单元之间的序列相似度也最高。这表明番茄在与马铃薯分化之后，可能经历过一次相对近期的45S rDNA重复序列扩张事件。除了基因组中鉴定大量完整45S rDNA单元外，作者还在染色体6与11上发现两个仅含部分18S或28S片段的伪45S区域，这些区域富集大量LTR反转录转座子，明显区别于完整45S rDNA区域仅含少量MITEs的特征。伪45S rDNA区域主要由微卫星SlSat53扩增组成，推测其形成源于45S rDNA序列的降解与SlSat53扩展。