【英文标题】Medicago super-pangenome reveals adaptive advantages and evolutionary constraints in autotetraploid alfalfa

【发表期刊】Nature Communication

【发表时间】2025.12.15

【研究内容】基于PacBio、Oxford Nanopore与Hi-C测序技术，成功构建了两个苜蓿亚种的高质量基因组资源，包括同源四倍体苜蓿sativa和二倍体亚种caerulea。以中国高产耐盐苜蓿品种“中苜4号”为材料，共测得Hifi数据（109.84 Gb ，~137×）、（18.25 Gb ，~23×）ONT数据以及（285 Gb，~356×）Hi-C数据，构建了完整分型的参考基因组ZM4_V2.0，基因组总大小为3.13Gb，锚定至32条染色体，contigN50达5.45Mb。组装结果表现出极高的准确性与完整性，HiFi和Nanopore数据的比对率均超过99.9%，BUSCO分析显示基因组完整性达到99.5%，Merqury评估表明碱基质量和整体完整性处于领先水平。研究构建了苜蓿的超级泛基因组，发现苜蓿基因组中存在显著的基因变异，并鉴定出富集于气候适应和应激响应的四拷贝核心基因。

【英文标题】Pangenome analyses of tea plants reveal structural variations driving gene expression alterations and agronomic trait diversification

【发表期刊】Nature Communication

【发表时间】2025.12.06

【研究内容】本研究系统解析了野生与栽培茶树的基因组结构及其演化特征，构建了高质量的染色体尺度参考基因组资源。研究选取2个野生茶树近缘种和20个栽培茶树材料开展泛基因组分析，其中5个栽培种和1个野生种基于PacBio HiFi 测序完成基因组组装。组装基因组平均大小为3.18 Gb，contig N50达131–143 Mb，超过96%的序列成功锚定至15条假染色体，BUSCO完整性约98%，LTR组装指数符合高质量参考基因组标准。同时构建了单倍型分辨的染色体尺度组装，显著提升了结构解析精度。研究通过构建茶树泛基因组变异图谱，揭示启动子区结构变异对基因表达和性状分化的调控作用，为茶树育种提供重要遗传资源。