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26年1月泛基因组文献合辑

01 图形泛基因组解析棉花驯化

【英文标题】Graph pan-genome illuminates evolutionary trajectories and agronomic trait architecture in allotetraploid cotton

【发表期刊】Nature Genetics

【发表时间】2026.01.02

 

【研究内容】研究对107份陆地棉材料开展了高质量从头基因组组装,涵盖栽培与半野生类型,系统解析了陆地棉的基因组结构与遗传多样性。基于PacBio HiFi测序和Hi-C技术,获得了染色体级别、高连续性和高完整性的基因组,基因组大小约为2.30-2.36 Gb,超过99%的序列成功锚定到染色体。通过构建覆盖野生到栽培连续谱系的棉花图形泛基因组,系统揭示了异源四倍体陆地棉的结构变异、基因渗入与性状遗传基础,从而深化了对棉花进化、驯化及育种改良机制的认识。

 

02 杜鹃花属泛基因组

【英文标题】A pangenome insight into the genome divergence and flower color diversity among Rhododendron species

【发表期刊】BMC Genomics

【发表时间】2026.01.06

【研究内容】本研究围绕杜鹃花属(Rhododendron)的基因组演化与花色多样性展开。作为北半球规模最大的木本植物属之一,杜鹃花属具有复杂的进化历史和显著的物种分化。研究基于来自不同亚属的七种杜鹃花全基因组数据,系统分析了种间基因组与序列分化特征,以及与花色相关基因家族的演化动态。结果表明,转座元件在杜鹃花基因组中占比高达约50%,其中长末端重复反转录转座子占据主要部分,并与基因组结构变异和分化密切相关。进一步分析显示,花色相关基因的复制、缺失及其表达变化可能受到转座元件的显著影响。该研究系统揭示了转座元件在杜鹃花属基因组分化、物种形成及种间变异中的核心作用,为阐释该属植物丰富表型多样性及其进化机制提供了重要的基因组学依据。