月刊 | 3月T2T基因组文献合辑
【英文标题】Telomere to Telomere Genome Assembly and Efficient Transformation and Genome Editing inPopulus euphratica
【发表期刊】Plant Biotechnology Journal
【发表时间】2026.03.14
【研究内容】本研究成功组装了胡杨‘ZHY’的完整T2T基因组，该基因组由38条染色体和76个端粒组成，包含两个单倍体，分别为506.85Mb和501.23Mb。通过HiFi、ONT和NGS测序，基因组比对率分别为99.92%、99.35%和98.94%。两套单倍体的contig N50值分别为24.99和24.72Mb，BUSCO评估显示98.9%的完整性，基因组连续性评估（GCI）分别为93.07和96.26，而QV评估值分别为72.33和73.41，显著优于其他胡杨物种的T2T组装。分析结果还表明，基因组中重复元素占58%，并成功识别了38,257和38,176个蛋白质编码基因，其中98.56%已通过RNA-seq确认，97.18%通过公共数据库进行了注释。通过构建胡杨高质量T2T无间隙单倍型基因组，并建立了高效的再生和遗传转化体系，实现了基因组编辑，为胡杨的基因功能研究、遗传改良及资源保护提供了关键技术基础。华命生物参与了T2T基因组测序和分析工作。
【英文标题】A Near Telomere-to-Telomere Genome of Belamcanda chinensis Provides Insights Into Genome Evolution and the Biosynthesis of Characteristic Isoflavones
【发表期刊】Plant Biotechnology Journal
【发表时间】2026.03.14
【研究内容】研究整合Illumina survey、PacBio HiFi、Oxford Nanopore和 Hi-C等多平台测序数据，成功构建了射干4.18 Gb的near-T2T基因组。该基因组共锚定到16条假染色体，contig N50达209.6 Mb(图1B)。Hi-C互作热图显示染色体内信号集中且异常染色体间互作极少，说明组装具有很高的连续性和结构准确性；同时，端粒和着丝粒区域还得到了细胞学层面的支持验证(图1C，1D)。装配质量评估表明，该基因组BUSCO完整度为98.70%，LAI为17.2，达到了高质量参考基因组水平。
03 洋葱Near-T2T基因组
【英文标题】A near-complete genome assembly of onion resolves its genomic architecture, originand evolution
【发表期刊】Plant Communications
【发表时间】2026.03.16
【研究内容】研究团队整合PacBio HiFi、ONT超长和Hi-C等多种测序技术，成功构建了洋葱近完整参考基因组DH066619-V2，组装总长度达15.86 Gb，其中5条染色体实现了无缺口组装，最长完整染色体达2.39 Gb。研究成功构建了洋葱近完整的参考基因组，系统探究了重复序列对洋葱基因组结构特征及演化的影响，并结合群体重测序数据回溯了洋葱的起源与驯化过程，揭示了洋葱细胞质雄性不育的异源渗入起源，为洋葱基础研究和分子设计育种体系构建奠定了坚实基础。
04 凤眼莲T2T基因组
【英文标题】Gap-free genome-based analyses of the origin and adaptation of a globally invasive polyploid hydrophyte
【发表期刊】New Phytologist
【发表时间】2026.03.07
【研究内容】本研究对M型凤眼莲个体Nanhu #1进行了基因组组装（2n=32），构建了T2T无缺口基因组并锚定至16条伪染色体。k-mer分析将基因组划分为亚基因组A和B，证实其异源四倍体起源。最终基因组大小约1.23 Gb，组装质量较高（BUSCO 96.6%，QV 48.7），共预测65,808个蛋白编码基因，其中90.54%获得功能注释；重复序列占65.10%，LTR反转座子占49.01%。与已发表的Zijingang基因组相比，Nanhu组装在连续性和完整性方面显著提升，填补全部缺口并保持高度共线性，同时检测到部分结构变异，进一步验证了组装结果的可靠性。本研究构建凤眼莲首个端粒到端粒（T2T）无缺口基因组，解析其多倍体起源与基因组进化，揭示L/M型花型形成及叶柄膨大的遗传调控，为理解三型花柱多倍体植物适应性进化和凤眼莲入侵成功提供遗传基础。
