一、产品介绍

2025年4月14日，耶鲁大学医学院的李恒老师团队在预印版平台bioRxiv上线“Efficient near telomere-to-telomere assembly of Nanopore Simplex reads”的相关论文，文中推出hifiasm（ONT），这是首个仅需普通测序数据（ONT标准读长simplex测序数据）即可生成T2T（near-T2T）组装的算法。2026年2月4日，本文正式在Nature上线。这是近几年少见的基因组组装方法学文章登顶Nature主刊，足见这一方法的重要性，这是推动T2T基因组组装从“高要求高投入”到“常规应用”的关键一步（原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-026-10105-6?sessionid=）。华命生物从2025年4月份开始，就使用hifiasm（ONT）进行了大量样本的测序和组装，绝大部分项目都组装到了0gap甚至是完整T2T。

 

二、主要突破

01 技术突破：开发了创新的动态规划算法，有效解决了ONT标准读长中重复性测序错误的纠错难题，从而绕过了超长读长的限制。
02 计算效率：相比现有方法（如Verkko+HERRO），计算速度提升了一个数量级，且仅需CPU，无需高性能GPU，极大降低了使用门槛和成本。
03 组装质量：使用50×的ONT普通读长，能在人类样本上实现9至22条染色体的端粒到端粒完整组装，且在基因组连续性和复杂区域解析上表现优异。
04 应用拓展：DNA样本量和测序成本大幅降低，使得大量无法培养细胞系的临床样本、稀有物种、古生物样本和大群体所有样本的T2T（near-T2T）基因组组装成为可能。

 

三、华命生物项目经验

以六个动物和植物基因组hifiasm（ONT）测序组装为例：

 

测序策略推荐：

基于大量的项目经验，对于hifiasm（ONT）的测序数据，我们推荐按照以下策略：

 

四：T2T基因组VSNear-T2T基因组

 

五、项目文章案例：四个杨柳树near-T2T基因组揭示杨柳科着丝粒演化（点击标题查看完整解读）

【英文标题】Four near-complete genome assemblies reveal the landscape and evolution of centromeres in Salicaceae

【发表期刊】Genome Biology

【研究内容】本项目通过构建4个杨柳科单倍型near-T2T基因组，结果表明杨柳科物种着丝粒具有显著的序列和结构多样性，这意味着其进化轨迹具有物种特异性甚至染色体特异性特征，并通过卫星序列均质化、多种转座元件的广泛入侵以及重定位事件介导持续的着丝粒更替。这些发现为近缘物种间着丝粒高度复杂且动态的进化过程提供了新的认识。华命生物承担了部分测序分析技术支持。

 

六资料分享

华命生物目前已成功完成90+物种的T2T基因组组装，物种涵盖动物、植物、昆虫及同源和异源多倍体等疑难物种，已有多个合作项目在顶级期刊发表和接收。华命生物目前已成功完成90+物种的T2T基因组组装，物种涵盖动物、植物、昆虫及同源和异源多倍体等疑难物种，已有多个合作项目在顶级期刊发表和接收.华命生物整理了200+篇动植物T2T/near-T2T基因组文献资料以及160+(T2T)泛基因组文献资料，我们不仅有按照时间排序的最全文献原文汇总，更贴心的整理了每篇文章的研究物种、测序策略、组装水平、基因组大小等内容，一键对应您感兴趣的文章，合辑内容不定时更新，欢迎添加工作人员微信：19986932064(微信:hm_T2T)免费获取~