古基因组学通过非基数改变（如倒位、相互易位）或基数改变重排（染色体断裂增加数目/融合减少数目）推演祖先核型。当断点未知时，连锁群减少通常解释为染色体融合，但表型相似的演化事件可能源于不同机制。通过鉴定染色体同线性区块（CLSBs）作为原染色体，并追踪其通过三种重排类型（RCT、EEJ、NCF）的动态演化，可揭示从祖先核型到现代基因组的演化路径。该方法近期在锦葵科古多倍化杂交研究中成功应用，表明祖先核型研究可揭示杂交基因组起源（Sun et al., PNAS, 2024）。 2025年5月19日，刘建全团队在Nature Communications在线发表重磅论文&
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开花植物的性染色体最早发现于叉枝蝇子草（Silene latifolia，核型2n=22A+XY）。其“巨型"Y染色体（约500Mb）已成为研究具有大型MSY的异形性染色体的经典模型。近日，国际顶级期刊《Science》背靠背发表了两篇叉枝蝇子草Y染色体的研究论文，上一期我们已经介绍了其中一篇，今天我们详细给大家介绍另外一篇“Rapid and dynamic evolution of a giant Y chromosome in Silene latifolia”的研究内容。 一、
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稻属（Oryza）涵盖27个物种及11种基因组类型，其基因组大小差异达3.4倍。该属蕴藏着近乎未开发的基因宝库，极具研究价值，为作物改良与再驯化提供了宝贵资源。 2025年4月28日，来自全球多国的研究团队，在国际顶级期刊《Nature Genetics》上发表了题为“Oryza genome evolution through a tetraploid lens”的研究论文，作者完成了11个稻属物种基因组的组装（九个四倍体、两个二倍体），揭示了核心稻属（亚）基因组仅约200Mb且高度同源，而其余核基因组组分（约80-600Mb）则呈现动态混杂、可塑性高且快速进化
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叉枝蝇子草（Silene latifolia，石竹科）为雌雄异株植物，因其具有一个巨大的Y染色体（大小约550M）而备受关注。 近期国际顶级期刊《Science》背靠背发表了两篇研究叉枝蝇子草Y染色体的研究进展，本期我们将介绍其中一篇相关研究，论文标题为“The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome”。作者组装了染色体级别的叉枝蝇子草基因组序列。同时利用近缘非雌雄异株Silene物种的高质量基因组作为外类群，推演了叉枝蝇子草性染色体的演化历程。并最终鉴定了候选性别决定基因。
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