完整的遗传变异数据集是生物多样性基因组学研究的关键。长读长测序技术的快速发展,使组装高质量单倍型解析的参考基因组成为可能。然而,即使是单个个体完整的T2T基因组,因为无法充分代表一个种群或物种内的遗传多样性,仍可能会使下游分析产生偏差。通过将来自同一种群、物种或属的多个高质量基因组序列信息整合到单个参考基因组上,这些基因组比对集合组装而成的泛基因组能够克服代表性偏差问题。 近日,来自美国和意大利等多国的科学家团队,在著名期刊Nature Genetics上撰文发表了名为《Pangenome graphs and the
view more端粒到端粒(T2T)基因组组装代表了基因组测序和组装领域的一个重要的里程碑,它实现了从染色体的一个端粒到另一个端粒的完整序列的生成。人T2T基因组揭示了以前无法通过测序组装获取的未知区域。T2T基因组也已在重要作物如水稻、大豆和玉米等上获得,为着丝粒功能和进化以及其他基因组特征的研究提供了宝贵见解。 近日,来自默多克大学等地的研究团队在著名期刊Nature Genetics上发表了综述文章Unlocking plant genetics with telomere-to-telomere genome assemblies,在这篇综述中,研究人员讨论了复杂作物T2T基因组面临的挑战,如重
view more近日,多国的科学家团队一起,在Nature Genetics上撰文介绍“反刍动物T2T联盟(RT2T)”的开放性项目合作计划,该联盟旨在生成反刍动物(Ruminantia)众多物种完整的二倍体单倍型T2T基因组。但实际上,在该倡议文章发表之前,来自中国农业大学的李孟华教授团队联合合作单位,已经在BioRxiv平台上线了Telomere-to-telomere sheep genome assembly reveals new variants associated with wool fineness trait的预印文章,抢先一步发布了首个反刍动物绵羊T2T完整基因组
view moreTelomere-to-Telomere (T2T) 组装技术揭示了基因组中先前“不可见”部分的新结构和功能,并允许对整个谱系中的完整基因组进行比较分析。近日,多国的科学家团队一起,在Nature Genetics上撰文介绍“反刍动物T2T联盟(RT2T)”的开放性项目合作计划,该联盟旨在生成反刍动物(Ruminantia)众多物种完整的二倍体单倍型T2T基因组,以在自然选择和家畜驯化的背景下研究反刍动物染色体和基因组演化。 一、RT2T联盟成立的必要性 反刍动物包括牛、羊和山羊等,自一万多年前被驯化以来,一直在农业中扮演着重要角色。它们将植物饲料转化为人类可消化
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