随着测序成本持续下降及计算方法的快速发展，植物基因组学正迈入新的范式转变。单倍型分相的端粒到端粒（T2T）组装与超级泛基因组的结合，正在成为植物研究所需的“终极参考框架”。二者协同可为遗传解析、分子设计育种以及种质资源保护提供黄金标准。 海南大学陈飞教授于2025年12月1日在期刊Trends in Plant Science上发表标题为“Phased telomere-to-telomere super-pangenome: definitive reference genome in plants”的观点文章，系统性整合并概述了单倍型
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近年来，牛基因组研究不断推进，但由于包含大量重复序列，尤其是性染色体，其完整端粒到端粒（T2T）组装长期面临技术挑战。现有超过20个牛基因组版本均未包含完整的X染色体，这限制了对其在智力、精神功能、生殖及产奶量等关键性状中的作用进行深入研究。同时，传统参考基因组存在缺口，无法代表牛的全部遗传多样性，并造成结构变异识别的偏倚。 澳大利亚阿德莱德大学的研究团队于2025年11月28日在国际著名期刊Nature communication上发表了一篇题为“Insights into natural neocentromere evolution from a cattle T2T
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番茄 (Solanum lycopersicum) 是全球重要的蔬菜作物，也是研究果实发育及抗逆机制的关键模式植物。尽管 Heinz 1706 的首个基因组及后续的 SL5.0 版本不断改进，但目前的番茄基因组仍存在缺口、端粒缺失及 45S rDNA 信息不完整等问题。 中国科学院梁承志研究团队于2025年11月18日在Plant Communications期刊发表标题为 “A telomere-to-telomere reference genome assembly of tomato cultivar Heinz 1706”的研究论文，对番茄栽培品种Hei
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铜钱树（Paliurus hemsleyanus）是中国特有的重要树种，兼具生态韧性与经济价值，并作为枣树优良砧木在林业中广泛应用。然而，尽管其在抗旱和抗植原体病害方面表现突出，其基因组资源长期匮乏，限制了对其抗性机制的解析。 河北农业大学中国枣研究团队的杨猛教授于2025年12月4日在期刊Communications Biology上发表了标题为“Haplotype-resolved t2t genome of paliurus hemsleyanus provides insights into rhamnaceae evolution and genome biology”的研究论
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